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到西汉末年，有人发现了秦朝以前、用篆文写的古书。古书和“今书”的不同，就更让人质疑了。随后，出现了大量古书（后世证明大多是伪造），于是古文经学兴起。它的主要思想是：溯本求源，寻求经典的本来意义，而不管时代的变化。
今文经学是学校的官方教材，一直到东汉都是如此，而古文经学则在民间流传。
西汉末年的王莽改制，让儒学遭到巨大挑战。王莽是当时儒家学者一致认同的“新圣人”，按儒家的“天道”轮替，和平地取代了西汉。然后，他又按儒家的理想，进行社会大变革，结果却是“前所未有”的大失败。这场失败可以说是儒学的一次“完败”，刻骨铭心。
自王莽以后，儒家学者就闭口不再谈“天道”，也不谈改革了。今文经学不再谈改革，就只是官场的敲门砖，没有了活力。而“读书人贵族”也失去了改造现实世界的宏伟志向，人生奋斗的目标变得模糊。“与世无争”的古文经学就更加盛行了。
建立东汉的刘秀，是个从儒家学校毕业的学生。他上台后，更加强化了儒学的地位。公元56年，他“宣布图谶于天下”，将谶纬之学官方化了。谶[]是预示吉凶的隐语，也就是预言，发展到现代就是求签。纬是纬书，与经书并列，是将孔子神化的一类书。说白了，纬书就是孔子创造世界的“《圣经》”。
公元79年，东汉召开全国经学讨论会，即白虎观会议。会议统一思想，将谶纬与原来的今文经学融合，成为了学校的法定教材。与此同时，基于儒学的国家祭祀体系也建立起来了，如封禅、明堂、郊祀祭天等等。可见这时，儒学的宗教氛围非常浓厚，已经变成了“儒教”，并且是东汉的国教。
与西方做一个对比，儒教相当于“基督教”，儒家学校就相当于“修道院”，而读书人就是“修道士”。东汉的政府官员清一色全都是“修道士”，可见东汉是****的国家，是儒教的专政！其中士族相当于“红衣主教”，是儒教专政中最核心的权贵。
如同西方的“中世纪”，在****的体制下，“两手都抓，两手都硬”，思想上“不可置疑”，武力上也“无可匹敌”。因此这种体制，就像是一块大铁板，难以撼动。西方用了整整1000年才走出中世纪，中国又会如何呢？
我突然明白了，这场折磨中国长达400年的巨大“浩劫”，就是中国人试图打破儒教专政，努力走出“中世纪”的艰难抗争。
宦官“干政”，可以说是最直接抗争！
宦官大多出自平民（除了少量处以宫刑的罪臣外），而不是儒教“修道士”。宦官并不是只会“低三下四”照顾主子的佣人，而是负责宫中事务，甚至掌管军队的内朝官员。他们的实际执政能力未必比只重道德的“修道士”差，比如造纸的蔡伦就是负责供应宫中物品的宦官。
东汉末年（178年），在宦官的支持下，汉灵帝设立了鸿都门学。这所学校，不学儒家经典，而是以辞、赋、书、画等文艺为主要内容，学生毕业后也可以当官。开办非“儒学”的学校，可以说从根本上动摇了儒教“专政”的根基。这也就是“党人”为什么如此痛恨宦官，非要把他们赶尽杀绝的原因了。
顺带一句，偏文学艺术的鸿都门学，出乎意料地激发了中国人的文艺天赋。这使得魏晋以后，文艺得以蓬勃发展，远超汉朝。
这时，佛教自东汉初年传入中国，已有上百年，但一直水土不服。而中国本土的道家，受到了这个外来宗教的极大影响，发展形成了道教。184年，席卷全国的黄巾起义，就是道教对儒教专政的一次宗教革命！
有人说，不对啊，黄巾起义是披着宗教外衣的农民起义！要知道，黄巾起义的原计划是“勾结”宦官，在京师洛阳起事，可见它的成员构成，绝不是只有农民那么单纯。而且，“岁在甲子，天下大吉”，黄巾军的政治目标是要夺取天下，而不是“打土豪，分田地”而已。
在人类历史上，一个宗教的产生，是需要“天大”的机缘巧合的！你看全世界几千年，有影响力的宗教，屈指可数。而黄巾起义是道教第一次“登台亮相”，毫无疑问，它的宗教意义要远远大于农民起义。
三国时期，张鲁在汉中的“五斗米道”，就是用道教来统治天下的一次真实实践。这就是为什么曹操在赤壁之战后，关中尚未平定，就急匆匆想越过关中，去攻打张鲁的一个背后原因。
黄巾军被平定了，张鲁被消灭了，但道教并没有灭绝，依然在民间流传。到南北朝时，道教进行宗教改革，放弃了夺取天下的政治诉求，与儒学融合，成为影响中国的一个大宗教。
公元189年，董卓进京，废立皇帝，各州郡起兵反对，从此群雄割据，天下混乱。最主要的原因，是新立的汉献帝的合法性存疑，得不到大家的承认。但也说明，对于袁绍、曹操这些“群雄”，已经敢于挑战“君臣”礼仪。儒教的“不可置疑”的地位已经开始动摇。
曹操的父亲是大宦官曹腾的养子，算是宦官身世。曹操的思想偏法家，在统一北方后，他曾多次提出要“唯才是举”，试图打破儒教“修道士”的垄断。
诸葛亮也是典型的法家思想，所以只能隐居隆中，得不到儒教“修道士”的认可。如果不是刘备三顾茅庐，他恐怕永无出头之日。
曹操、诸葛亮虽然是一方的大Boss，都极力推崇法家，但依然无济于事，无法动摇儒教“专政”的根基。因为所有学校都只学儒学，天下没有“批量生产”法家人才的机制！
种种直接对儒教专政的抗争，全都失败了。但思想上的抗争，没有停下脚步。魏晋时流行玄学，玄学的主旨是“玄之又玄，众妙之门”。“玄”就是深，意思是：不断地深入思考，才能发现问题的本质。这种探索精神本身，便是对儒教的深深质疑。