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从明洪武十三年到二十六年，明太祖为维护统治而大开杀戒。以胡惟庸案和蓝玉案并称的“胡蓝之狱”为起点，之后还有“郭恒案”、“空印案”等。朝中的开国元勋皆以死尽忠，其中受胡惟庸和蓝玉株连的就多达四万五千人。
而促成这些案件幕后机构就是明太祖亲设的锦衣卫，据《明史》所记：“子骧，从定中原，进指挥使，尝掌锦衣卫事，召典狱。”除了毛骧以外，还有明成祖时的纪纲，明英宗时的刘勉等等都曾是著名的锦衣卫指挥使，为帝王们立下过汗马功劳，而锦衣卫也借恩宠在短短几年就发展到了十几万人。那么，明朝灭亡时，他们都去哪儿了？
锦衣卫最开始的名称为“拱卫司”，主要为皇帝收集军政情报，后来改为掌管君王仪仗和侍卫的“亲军都尉府”。直到洪武十五年才正式命名为锦衣卫，他们的工作内容逐渐丰富，不仅是收取他国的军事情报，同时也能监察百官动向，包括暗地里的侦查、逮捕和审讯等活动，不受除了皇帝以外得其他任何人限制。
锦衣卫内人员共分为十个等级，从官位至正三品的指挥使，到正四品的指挥佥事，再到千户、百户、小旗，除千户及以上有人数规定外，其他都没有限制。许多的将军、校尉、翻译都是他们的下属，真可算是独享无限风光了。
公元一三八零年，明太祖罢中书省、废丞相一职，相应之下提高原本中书门下的六部权力，并形成了完全对称的内廷和外廷机构。比如：外设内阁大学士以帮助皇帝协理繁杂的政务文书，内设司礼监以管理皇城内大小琐事。
如此便形成各部同时为皇帝所用，朝堂内外权力则达到相互制衡的局面，从而保证了皇权的独尊和不可侵犯。锦衣卫与其它亲信部门同样，在前期发展中的兴衰与落寞，全都仰仗着皇帝的喜与忧。
在洪武二十年前，锦衣卫发展得如日中天的时候，朱元璋一张诏书就将锦衣卫直接废除，并且焚毁了锦衣卫的所有刑具。直到明成祖继位才又重设了锦衣卫，但有东厂分化了它的权力，所以这也为后来锦衣卫们谋求自保而不去救国抗敌埋下了种子。
万历后期，神宗常远离朝政，不理政务，而原本为与锦衣卫互利互惠而相互勾结的东厂，乘机得到了大力发展。因为有了接触朝中大臣奏折的机会，其权势远远超过作为皇帝护卫的锦衣卫，甚至让锦衣卫沦为了它的附庸。
东厂有权更替和选拔锦衣卫的指挥及其他成员，比如：魏忠贤就在熹宗初年时将锦衣卫的指挥使刘侨免职，转而提拔投靠自己的田尔。在公元一四七七年时，当朝皇帝又设立了西厂，其权力甚至超过东厂。锦衣卫的大好光阴就在这厂卫争斗中逐渐逝去，与皇帝的关系也就随之由近变疏，当大敌当前时，皇帝的生死与自己的生死相衡量之下，也就只好选择静观其变。
一朝天子一朝臣，锦衣卫作为皇帝身边的亲信大多也就只能为一位皇帝效劳，当下一位皇帝登基时，前朝的锦衣卫就需要被迫以死表忠。比如王振在继承皇位后，提拔了自己的亲信马顺成为锦衣卫指挥使，而将明英宗时的刘勉和徐恭皆死在朝堂的棍棒之下，明景泰时的卢忠则是被曹钦发现其身份后惨遭砍死，几乎每朝每代都是如此，兢兢业业为君效忠却因君离去而遭无妄之灾，这不得不让从事这个职业的他们时时生活在不安之中，随时为自己找好出路。
明朝历经二百六十七个春秋，也是中国历史上最后一个由汉人统治的王朝。期间有著名的永乐盛世、仁宣之治、嘉靖中兴等政治清明、国力强盛的时代，但最终在东林党争、天灾外患，以及不断地农民起义中，由金国李自成攻入北京，以崇祯皇帝煤场自缢殉国结束了又一代王朝神话。
然而那些曾被帝王信任和宠爱，身穿飞鱼服、腰佩绣春刀的锦衣卫队伍，却没能够帮助帝王力挽狂澜，重正山河，竟是在悄无声息中消失于茫茫人海之，只留下后世人为之悲叹。
虽然在明末时锦衣卫与皇帝之间，不如从前那般相互信任和依赖，但仍然有愿意为国捐躯的烈士，比如：李若琏，在京城被攻破时，作为锦衣卫南堂指挥同知的他，带部下死守崇文门，杀敌无望后选择自缢效国。只留下了一句：“死矣！即为今日之事；悲哉！何必后人知。”提督孙光、堂上指挥刘应袭、北镇抚司梁清宏等则纷纷死在了李自成的刑下。
“昨年京师大作，死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者。”这是崇祯时所信任并亲自提拔的锦衣卫指挥使骆养性，在崇祯皇帝要求他带军回京防守时，他因京城瘟疫四起而不愿入城便所给的回报。
在崇祯十一年，骆养性以隔岸观火之态，看京城的大门被李自成率军攻破，而他则带领大部分人献白银三万两投降，在清朝大将多尔衮带兵攻入京城取代李自成后再次投降，之后便成为清朝官员，于顺治六年逝去。
与他同样的有他的锦衣卫同僚，比如：王鹏翀、乔可用，也有著名的将军吴三桂、将领李永芳、部将孔有德等等，正可谓树倒猢狲撒，大抵就是如此了。
据《南疆逸史》所写：“永明之有吉翔，犹福王之有士英矣。”马吉翔，中国历史上的最后一位有名的锦衣卫指挥使。在一六四五年时曾因为隆武帝送军饷而被升为锦衣卫佥事，后来协助永历帝有功而成为指挥使。
他的一生都跟随着明朝的帝王，因锦衣卫而荣华富贵，也因锦衣卫而客死他乡。当李自成攻占京城后，他就随着其他王室迁往南方，也就是后来的南明。在永历十三，他随永历一同前往缅甸，三年后，缅甸因国内战事而将永历帝献给清军，南明灭亡，马吉翔也在这之前就被囚禁后杀死。