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从399年的孙恩之乱开始，一直到411年卢循之乱宣告平定，这场断断续续12年的祸患，终于彻底结束。
这12年对于晋王朝来说，无疑是巨大的灾难，对司马家族而言，更是充满血泪的痛点。
但从社会的平衡关系来看，有人失意就必定有人得意，刘裕显然就是得意的那一个，经过12年的历练，早已成了晋王朝的实际领导者。
变民集团摧毁之后，东晋并没有因此平静下来，仍有许多危机充斥不散。
北方的外敌是持续几十年的旧患了，对刘裕而言，或许并没有那么迫在眉睫，解决国内的反对势力才是摆在他面前的首要任务。
当年一同起兵勤王的几个盟友，到了411年已经死得差不多了，剩下的几个人里面，老实本份打工的人，自然总能与刘裕相处和谐，但凡稍有谋略和声威的人，则全成了刘裕眼中的反对势力，加上益州的西蜀政权，是摆在刘裕面前的首要威胁。
一山不容二虎是亘古不变的真相，刘裕这只大老虎，甚至想把山上的所有其他动物全改造成素食主义者，有哪个敢吃肉，就算是一只黄鼠狼也要立即消灭掉。
就是这么强势，就是这么任性，而且他充足的资本让自己这么嚣张，机智的头脑、忠心的队伍、得力的智囊，放眼全国，谁与争锋。
因为寒门出身，所以许多同样没有背景的人就视刘裕为偶像，不但佩服地五体投地，更甘愿为之流血拼命，至于一些豪门大族，因为桓玄之乱，多数已经家道中落，经过刘裕的提拔，重新掌握权柄，也都刘裕感激不尽，颇为忠诚。
当然这些都是刘裕上位之后才加入的人，随同刘裕一起出道的那批人，则大不相同。
其中的典型代表就是刘毅，因为有大才，也很得人心，即便他甘居刘裕之下，刘裕也是绝不会留他威胁自己的地位，更何况刘毅还经常锋芒毕露，公然挑战刘裕的权威。
料理了卢循，刘裕接着便把枪头对准了刘毅。
刘毅自从桑洛洲一战败于卢循，实力遭到极大削弱，这一战的强弱对比显而易见，所以刘裕根本并没有过分忧虑，早已胜券在握了，为弥补刘毅集团覆灭之后的人才流失，在正式出手前，先在国内提拔一批忠诚有才的人壮大统治基础，布局完成之后，再拔刀亮剑。
褚裕之是褚裒的曾孙褚裕之，被擢升为代理广州督导官；陈郡人殷景仁，被任命为初级军事能参议官；谢安哥哥谢据的曾孙谢晦，被提拔为军事能参议官；吴兴郡长孔靖，担任政府右副行政长官；刘裕的老弟刘道怜，则从并州督导官这个虚职调任北徐州督导官，镇守彭城，成为独当一面的地方大员。
其中谢晦本是孟昶的幕僚，孟昶自杀后，经刘穆之的推荐，进入刘裕的圈子，因为才华横溢，能力出众，很快便成了刘裕的亲信重臣。
可惜刘道规在讨伐卢循之后，就已病逝，不然也能成为刘裕的一张王牌。
丰实羽翼的同时，刘裕不忘提升自己的威严，坦然接任了全国武装部队总司令、立法院副总立法长的职务。
各处工作准备妥当，二刘之战终于展开了。
此战中，刘裕采取的温水煮青蛙的策略，不断麻痹刘毅的神经，在不影响自己仁义名声的同时，逐一除掉不听话的家伙。
412年4月，刘裕以安帝的名义下诏任命后将军、豫州督导官刘毅为首都卫戍司令官、荆宁秦雍四州军区司令长官、兼荆州督导官。
刘毅可不想坐以待毙，虽然实力有限，还是要尝试一下，他的策略是损人利己，既逐个打击刘裕的亲信，然后疯狂地充实自身。
接到新任命的诏书，刘毅对担任首都东区卫戍司令官的刘敬宣说：“我有幸身负西方重任，打算委屈你当南蛮保安司令部秘书长，你可有意助我一臂之力？”
刘敬宣与他早有怨仇，当即大为恐惧，找机会把此事告知刘裕，刘裕笑道：“我保证老兄平安无事，不要过分忧虑。”
政府右副行政长官谢混，首都建康市长郗僧施，都与刘毅交好，刘毅打算借二人在中央的力量，与地方遥相呼应，逐步吞噬刘裕的势力范围，并最终将其消灭。
既已控制了长江上游，刘毅便上疏要求兼任交广二州军区司令长官，并请任命郗僧施为南蛮保安司令官、兼后将军府军政官，毛修之为南郡郡长。
毛修之作为蜀中毛氏的后裔，西蜀将毛氏灭族之后，毛修之暂时投身当时的西征军元帅刘毅的门下，期待入蜀报仇雪恨，但他与刘毅的关系并不是很亲密，两人只是互相利用，毛修之固然想报仇，刘毅则是想利用他在蜀中的影响，为将来布局。
刘裕接到刘毅的各项申请，几乎想都没想就批准了。
刘毅于是更加变本加厉，抵达江陵任所之后，大批更换郡县长，抽调豫州、江州的文武官员和武装民兵一万多人，跟随自己。
估计是用力过猛，就在刘毅自觉顺风顺水的时候，却忽然病倒了，郗僧施等人恐怕刘毅死后，党羽会受到清算，于是劝刘毅请他的堂弟、兖州督导官刘藩，作为自己的助手，将来也有个照应。
刘毅认为可行，刘裕也表示没有意见，满口答应了刘毅的上疏，刘藩于是从州政府所在地广陵，前往京城朝见。
但就在这时，刘裕却突然发难，毫无征兆地用安帝的名义发布诏书，宣布刘毅的罪状，指控刘毅、刘藩、谢混共同阴谋叛变，直接逮捕了刘藩和谢混，让他们自杀。
第二天9月13日，刘裕下诏任命前会稽郡长司马休之为荆雍梁秦宁益六州军区司令长官、兼荆州督导官，北徐州督导官刘道怜为兖青二州督导官，镇守京口，豫州督导官诸葛长民为全国武装部队总司令部留守总监。
刘裕此时也对诸葛长民动了杀心，于是加授刘穆之为建武将军，设立建武将军府，名义上负责遴选参谋官员，实际上是防范诸葛长民警觉之后的意外变故。
诸葛长民当年和刘裕、刘毅一同出道，几年来也颇有军功，而且资历深厚，很有自己的主见，终于不免遭受老朋友的猜忌。
9月15日，刘裕亲率各路大军从建康出发，西上讨伐刘毅，并于半个月后抵达姑孰。
因为刘裕的动作极为迅速，此时上游的刘毅仍被蒙在鼓里，根本不知道刘藩已死，更不知道刘裕亲自前来。
刘裕的军事参议官王镇恶，主动请求拨付百艘小艇当先锋，刘裕便任命他为出任振武将军，与龙骧将军蒯恩，在主力舰队前先行出发，并特别吩咐二人：“如果对盗贼可以攻击，就发动攻击，如果不可攻击，就焚毁他们的船舰，停泊岸边等我。”
王蒯二人谨遵嘱托，率轻型舰队不分昼夜地逆江而上，让士兵在沿途广泛宣传说他们是刘藩，现在奉命到荆州报道。
荆州的守军果然也不生疑，10月22日，王镇恶一行已顺利抵达豫章口，距江陵只有20里。
王镇恶于是下令放弃船舰，全军登陆，然后在每艘舰艇上留下一两个人，岸上树立七面旗帜，旗帜下设置战鼓，吩咐留守的将士，预计他们快到江陵时，就擂起战鼓，好像后面还有大军，又派人前往江津水上要塞，焚烧视野之内的所有荆州军的船舰。
部署完毕之后，王镇恶正式领兵突袭城池，告诉前锋将士：“有人问的时候，只说是兖州督导官刘藩的部队。”
此举再度奏效，王镇恶沿途基本没有遇到任何阻挠，直到距城门五六里时，遇到了刘毅的亲信将领朱显之。
朱显之正要去江津办事，听说刘藩的部队到了荆州，问道：“刘藩在哪里？”
士卒回说：“在后面。”
朱显之于是到后队查看，却并没有发现刘藩，反而看到士卒携带了大批攻击性武器，顿时心生疑虑，恰巧这时看到远处的江津水上要塞，上空浓烟滚滚，而雷鸣般的战鼓声随之而来，终于明白眼前绝不是刘藩的人，立即掉转马头，飞奔回城，打算禀告刘毅关闭城门，做好防卫。
王镇恶意识到时机已经成熟，亲自带头展开追击，江陵城门还来不及关闭，王镇恶军已经冲进城中，很快与城里守军发生激战，从中午直到下午四点，守军终于全面溃败，王镇恶便在牙门凿开洞穴，进入内城，派人把皇帝的诏书和赦书，以及刘裕的私人信件，送给刘毅。
刘毅大怒若狂，把它们全都烧掉，看也不看，只与军政官毛修之等人，督促将士竭力抵抗。
这时城里的守军仍不相信刘裕亲临，可是在与建康的军队激战过程中，有许多表兄表弟等亲戚关系，你一言我一语，终于确信刘裕果然到了，军心瞬间崩溃，到了晚上，刘毅办公大厅前的卫士，逃走一空。
王镇恶恐怕黑暗之中，自己人杀错自己人，于是率军退出内城，只包围了牙城，而在南方留出供敌人逃亡的缺口，只待南门有人出现，立刻上前击杀。
刘毅却因担心遭到到伏击，所以没有从南门突围，而是在夜半时分，率左右三百多人，开北门冲了出去。
刘裕的大部队已近在咫尺，白天尚且难以逃得生天，深夜之中更加无路可走，刘毅慌乱之下投奔城郊的牛牧寺，希望能躲过一劫，然而寺中住持却害怕刘裕的报复，不肯收留，刘毅顿时万念俱灰，终于上吊自杀。
10月23日，当地居民向政府报案，王镇恶于是把尸体拖到街市，砍下人头，连同刘毅的儿子侄子，全都诛杀。刘毅的哥哥刘模，打算投奔襄阳，雍州督导官鲁宗之倒是与刘毅有些交情，但也畏惧刘裕的讨伐，于是砍了刘模，把人头送到建康，以表忠心。
(本章完)