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第一路是裴虔通领部分叛军进入成象殿。裴虔通引兵至成象殿，宿卫者皆释仗而走，当时是独孤盛把守，不明所以的独孤盛问裴虔通：“何物兵？形势太异也”！ 裴虔通劝道：“事势已然，不预将军事。将军慎无动。”就是劝孤独盛事情已经那样了，只要他保持沉默就行了。忠于杨广的孤独盛大骂道：“老贼是何物语！”于是没有穿上铠甲就与左右十余人抵抗裴虔通的叛军，随后为乱兵所杀。裴虔通干掉抵抗的孤独盛后就一路无阻入宫寻找杨广了。
第二路由司马德勘率大军直奔玄武门，这是正北门，当时杨广后宫的正北面，这个位置非常重要。宫廷政变多是从这儿发生的。玄武门如此重要，杨广也会重视这儿，布置了最忠诚的部队在这儿。他挑了几百精锐骁果，负责保卫这儿。这是皇宫的最后一道防线。杨广对守在那里的骁果待遇非常优厚，如果哪个没结婚，杨广就直接赏赐宫女嫁给他。这些人对杨广确实也忠心耿耿。但是司马德勘领叛军进入玄武门时，这些守在玄武门的忠心骁果却集体失踪了。原来因为杨广平时管理他们有一个联络的魏姓宦官，杨广不管有什么旨意都让这个宦官去通知。可是没有想到这宦官也被司马德勘拉下了水参与叛乱，他假传杨广旨意，放他们假让他们外出活动了，所以关键时一个人也没有。这道最后防线也没发生作用。司马德勘的叛军大摇大摆进入了玄武门。
杨广在后宫知道有人叛乱后，第一本能就是躲起来。他换了衣服，逃到西阁。这时裴虔通与元礼带兵进了后宫，找不到杨广。就带兵扑向永巷，还是没有找到杨广。他们就抓了一宫女很随便就问到了杨广躲在西阁的信息。于是裴虔通带人直奔西阁抓到了杨广。
杨广看到抓自己的居然是亲信之人裴虔通，他有点不太相信的问裴虔通说：“卿非我故人乎！何恨而反？”你不是我的旧友吗？有什么怨恨而造反呢？裴虔通有点无地自容的说道：“臣不敢造反，只是将士想回故乡，奉陛下回京师罢了”。强势了一辈子的杨广只好说道：“与汝归。”裴虔通于是自己统率军队守卫在西阁。
到了天亮，孟景率领铁甲骑兵迎接在宫外宇文化及。没有直接参与行动的宇文化及不知道事情的结果，浑身发抖不能说话，有人拜见，只是低着头依着桌案，回答说：“罪过”。这宇文化及说实在的根本没有什么能力，更没有什么野心。胆子那是更小。被弟弟和一大帮子的人硬拉上了做造反老大。弄得他心里很是惶恐。
现在抓住了皇帝杨广。将士们拉上马上否的宇文化及还是接着哆嗦，担心的要死。将士们拉宇文化及到宫中朝堂上，让他等着见杨广。本意是想让宇文化及以带头大哥的身份申斥一下杨广。然后逼杨广安抚一下朝廷文武百官。但是这宇文化及害怕见到曾经无比威严的杨广，对左右哆嗦了一句说“何用持此物出，亟还与手。”宇文化及的这句不伦不类的认话就是因为他内心深处惶恐不安的情况下说出来的，于是校尉狐行达就前去杀杨广了。
杨广本来在裴虔通陪同下往朝堂走，走到半路令狐达就杀气腾腾的来了。令狐达等人就陪着杨广回到杨广的寝宫，面对杀气腾腾的令狐达，杨广问道：“我何罪落到这个地步？”
叛将中有个名叫马文举的，善于辞令，答道：“陛下违弃宗宙，巡游不息。外勤征讨，内极奢淫，使丁壮尽于矢刃，女弱填于沟壑，四民丧业，盗贼蜂起；专任佞谀，饰非拒谏；怎能说无罪呢？”
杨广说：“我确实有负天下百姓。至于你们这些人，荣禄兼及，怎会干出这种事来？今天之事，谁是带头人呢？”
司马德戡答道：“普天同怨，何止一人！”
杨广看见人群中有封德彝，便漠然地对他道：“爱卿你是读书人，怎么也掺合这事？”弄的封德彝愧然而退。 杨广最小的儿子杨杲是个十二岁的小孩子，当时跟在杨广的身边，看见如狼似虎的兵士亮刀弄剑，吓得嚎哭不止。心神不定的裴虔通火气起，一刀砍掉杨杲的脑袋，鲜血溅满杨广一身。 事已至此，众人一拥上前，想砍杀杨广。
此时，自傲一世的杨广依然保持着做皇帝的尊严，厉声的对叛军说道：“天子自有死法，何得加以锋刃！拿鸩酒给我”。对于杨广，叛乱的人还是有点恐惧与本能的服从，于是，他们在后宫里找毒药，找来半天，在杨广的后宫里居然没有任何的毒药。无奈杨广自己解下白练巾给令狐行达，几个军士上前就用练巾绞死了杨广。时大业十四年三月十一日，杨广才五十岁。
曾经雄才大略的杨广，就这样死于非命。可是，宇文化及对皇室和大臣们的清洗才刚刚开始。追随杨广来到江都的宗室、外戚基本上都被处死，只有和宇文智及关系密切的秦王杨浩幸免于难，被立为傀儡皇帝。
在隋朝大臣中，原本就存在着江南人士和关陇贵族俩大派系。两个派系的关系那时水火不容，杨广在世的时候，因为杨广的扶持江南人士在朝堂上占有优势。在杨广的“五贵”中有三位就不是关陇贵族，等宇文述死后，苏威又以“昏髦老疾”为由，被排挤出宰相班底，说明关陇贵族在朝堂上彻底失势。事实上这次江都宫变，就是关陇集团，对于杨广抛弃关中，倚重江南的一个大反抗，这从参加叛乱的人几乎全部是关陇子弟可以看出。
所以宇文化及等人叛乱后，江南籍的虞世基与裴蕴没有任何商量的余地，被格杀勿论，甚至连儿子也被杀了。至于裴矩与苏威呢，还是可以有商量的余地的。因裴矩对谁都好，骁果对他有好感，抓人的士兵们看到他，都放了他。宇文化及安抚士兵时，裴矩当即投降所以没被杀。至于苏威更好办，当时八十岁了，几次与杨广意见相左，早不参与朝政了，政变后，苏威也是积极参见宇文化及，所以宇文化及还接见他，给于很高礼遇。关陇籍甚至北方的官员在宇文化及叛乱后都很快的投靠了过去，南方的官员就不一样了，他们对杨广远比北方官员忠诚。
像杨浩当了傀儡皇帝后，隋朝官员都到朝堂拜谒称贺。唯独通议大夫许善心没有去。侄子许弘仁骑马跑来告诉他说：“天子已经驾崩，宇文将军摄政，满朝文武都来会集道贺。天道人事，自然有代替终结，关你什么事而竟如此犹豫迟疑？”许善心对他不满，不愿跟他去。许弘仁回身上马，流泪说道：“将军于您全无恶意，您竟自寻死路，岂不痛心吗？”回来告诉唐奉义，唐奉义把这些情况告诉了宇文化及，宇文化及派遣士兵到家中将他捉拿到朝堂。宇文化及命人放开他，许善心没有拜谢相反扬长而去。宇文化及火大又下令捉他回来，斥骂道：“我好意想放你，你竟敢如此无礼！”于是杀害了他。时年六十一岁。
等到许善心被害时，他的母亲范氏九十二岁，在治丧事时没有哭泣，抚着灵柩说道：“能为国难而死，我真是有个好儿子啊。”于是卧床不进食，十多天后也去世了。许善心母子是陈朝人，这是被杨广提兵所灭，现在忠于杨广，也算是杨广厚待江南的回报了。
除此之外在这场政变中，来护儿，袁充、来楷、来弘、来整、裴蕴、裴愔、虞熙、虞晦、虞世基、等一大批江南人士被杀。
宇文化及政变后，一开始想立蜀王﹙庶人﹚杨秀为帝，群议不许。于是奉秦王杨俊的儿子杨浩浩为帝 ，自称“大丞相”，封司马德戟为溫国公，邑三千户，加光禄大夫，仍统本兵；以裴虔通为光禄大夫、莒国公；其馀朝士文武皆受官爵。随后宇文化及准备率隋官兵十余万西归。